쥐깨풀은 꿀풀과의 한해살이풀로 온몸에 짤막한 털이 산재해 있다.
줄기는 곧게 서며 네모가 져 있고 많은 가지를 치면서 20 - 60cm 정도의 높이로 자란다.
잎은 마주나고 계란형으로 생긴 잎은 긴 잎자루를 가지고 있으며
양끝이 뾰족하고 가장자리에는 큰 톱니가 드물게 배열되어 있다.
꽃은 7-9월에 흰색 또는 연한 홍사색꽃이 피는데 가지 끝에서 긴 꽃대가 자라 올라와
일정한 간격을 두고 약간의 꽃이 뭉쳐 피어난다.
꽃차례는 이삭 모양이지만 층을 지어 피어난다.
입술 꼴의 꽃은 길이가 4mm 정도이고 붉은빛을 띤 연보랏빛이다.
꽃말은 "좋은 아침".
흔히 들깨풀과 혼동하여 잘못 동정하는 경우가 많은데
가장 뚜렷한 차이는 잎의 거치가 들깨풀은 6~13 쌍인데 쥐깨풀은 거치가 듬성듬성해서 3~6 쌍이다.